Нет, не можете.
Пул может работать с эфиром в версии 2 / 3.5 или в версии 4.
Не может работать на обоих. Теперь думаю, что под любым пулом может жить много веб-сайтов. Поэтому невозможно запустить один сайт на 4, а другой - на 3.5.
Пул - это программа, которая компилирует находящиеся под ним сети, а затем запускает их и показывает страницы. Многие веб-сайты не могут одновременно работать в разных версиях под одним и тем же пулом, потому что на самом деле существуют разные программы, которые поддерживают версию 2 / 3.5 и 4 версии. Разные настройки, разные глобальные переменные, разные библиотеки.
Это две версии, 3.5 и 4.0, они живут в разных каталогах с совершенно разными exe и dll. Поэтому, когда пул запускает одну из них, оставайтесь на этой версии.