Каталоги .svn - это то, что хранит историю репозитория и метаданные. Каждая система контроля версий должна хранить вспомогательную информацию (по крайней мере, прошлые версии файлов!). Не удаляйте их, если вы не хотите перенести репозиторий в простой рабочий набор, у которого больше нет возможности фиксировать изменения или обновлять их новыми версиями.
Мне показалось забавным, что вы 'чрезвычайно обеспокоены и обеспокоены' созданием этих скрытых папок, которые реализуют все приятные функции, которые вы хотите получить от системы контроля версий.
CVS имеет такой каталог. Mercurial имеет каталог в верхней части хранилища. Perforce отличается тем, что поддерживается базой данных; он хранит все метаданные вне репозитория, к которому он относится. Это означает, что в Perforce, если вы просто скопируете содержимое репозитория, вы не сможете больше манипулировать им с другой стороны, не возвращаясь в базу данных. Кстати, это ваши db.rev, db.changes и db.have файлы. Вы, возможно, были чрезвычайно обеспокоены и обеспокоены ими прежде.
У меня есть простое решение ваших проблем с каталогами .svn: игнорируйте их.