Насколько я понимаю, это не связано с Рафаэлем.
Вам нужно убедиться, что вы понимаете разницу между клиентом и сервером. Javascript запускает клиентскую часть (учитывая, что мы не говорим о серверном приложении, написанном с использованием JS / nodejs) в браузере, в то время как JSP выполняются на сервере
Если вы собираете значения через JS и хотите, чтобы сервер их обработал, вы можете отправить его на сервер с помощью запроса AJAX (который не будет перезагружать страницу) или манипулировать формой и отправить ее (которая будет GET) или запрос POST тогда и перезагрузит всю страницу).
На сервере вы можете принять значения и обработать их, а затем обработать ответ.
Для запроса Ajax вы можете посмотреть на jQuery.