Вы не «настраиваете» существующее приложение Silverlight, вы перепроектируете. Что-то, предназначенное для работы на экране приличного размера с устройствами ввода с клавиатуры и мыши, не очень подходит для устройств с сенсорным экраном и ограниченным пространством экрана.
Что касается "всех" проблем с API, их слишком много, чтобы тщательно проверить документацию. Как правило, если его нет в Silverlight 3 только в Silverlight 4, то, вероятно, его нет в WP7, однако есть исключения.