вам нужно иметь такую настройку:
log4j.rootLogger=DEBUG, console, R
Затем укажите настройки для консоли приложения, приложения Rolling File.
ex:
log4j.appender.console=org.apache.log4j.ConsoleAppender
log4j.appender.console.layout=org.apache.log4j.PatternLayout
log4j.appender.console.layout.ConversionPattern=%d %5p %c (%F:%L) – %m%n
....
log4j.appender.R=org.apache.log4j.RollingFileAppender
log4j.appender.R.File=./logs/app.log
log4j.appender.R.MaxFileSize=5MB
log4j.appender.R.MaxBackupIndex=10
log4j.appender.R.layout=org.apache.log4j.PatternLayout
log4j.appender.R.layout.ConversionPattern=%d %5p [%t] (%C:%L) - %m%n
.....