Существует несколько веб-хостингов панелей , написанных на PHP, которые, среди прочего, создают учетные записи ftp, поэтому это определенно возможно.
Точная процедура полностью зависит от используемого вами FTP-сервера. Это может включать создание новых учетных записей пользователей Unix.
Это скорее вопрос о FTP или операционной системе, чем вопрос PHP, хотя вам нужно выложить оболочку, чтобы выполнить настройку. Как сказал Пекка, вам, возможно, повезет больше с вопросом о Serverfault, если вы включите детали своей настройки.