Что за данные? Если у вас есть простая старая 2-D матрица в Matlab, она может быть передана непосредственно в качестве аргумента double[][] методу Java.
См. Документацию MATLAB по передаче данных в метод Java . Обратите внимание, что MATLAB struct нельзя передать непосредственно в Java.
Если для вашего кода Java требуются аргументы метода, которые являются стандартными, например List или Map, вы можете создать ArrayList или HashMap из MATLAB:
>> m = java.util.HashMap;
>> m.put('foo',3);
>> m.put('bar',4);
>> m
m =
{foo=3.0, bar=4.0}