Сборки в списке редактирования ссылок MonoDevelop не берутся из GAC. Это также верно для VS и .NET. GAC предназначен для использования только во время выполнения, а не во время компиляции.
При нацеливании на Mono MonoDevelop использует систему под названием "pkgconfig" для обнаружения сборок. При нацеливании на .NET он использует те же ключи «Папки сборки» в реестре, что и VS.
Обратите внимание, что в настройках MD вы также можете добавлять дополнительные папки для поиска файлов или сборок pkgconfig - это является более простой альтернативой их правильной установке в системе.
Поскольку вы используете Ubuntu, который разбивает Mono на множество крошечных пакетов, вполне возможно, что файл pkgconfig для сборки Mono был разделен на отдельный пакет -dev, поэтому вы можете попытаться найти его (хотя я не уверен, включен ли 2.6.7 файл pkgconfig - возможно, вам понадобится 2.8).
Кроме того, MonoDevelop 2.6 еще не существует - вы, вероятно, имеете в виду 2.4.