Я подозреваю, что вы набираете всю строку сборки, которую вы указали, в одну строку, заканчивая '\' в середине.
Вам следует избавиться от '\', который в bash либо обрабатывает следующее как часть одной и той же строки, но косая черта должна следовать сразу за непробельным символом. Он также используется для специальных escape-последовательностей, что, как мне кажется, имеет место здесь и генерирует это сообщение.
Это должна быть правильная строка в вашем случае.
./configure --prefix=/usr/local/apache --with-layout=Apache --enable-modules=most --enable-mods-shared=all --with-mpm=prefork
Кстати, разве Apache Cookbook не говорит, что сборка из исходного кода - это одна из возможностей его установки, в дополнение к установке из предварительно упакованной сборки, которую вы можете получить из репозиториев Debian? Я полагаю, если вы действительно хотите гораздо более новую сборку или более повторяемый процесс для обеспечения согласованности между различными дистрибутивами, сборка с нуля сделает это за вас, но в противном случае я постараюсь максимально использовать управление пакетами дистрибутива. Сборка из исходного кода удаляет вас из исправлений безопасности и упрощает путь обновления, который дает вам Debian APT.