Быстрое применение векторных операций xts к широким объектам зоопарка в R - PullRequest
Новая
       29

Быстрое применение векторных операций xts к широким объектам зоопарка в R

3 голосов
/ 30 ноября 2010

Это действительно продолжение моего вопроса вчера, где я узнал о apply.weekly. Это прекрасно работает, но я хочу сделать это для широких zoo объектов. Если я использую apply.weekly для широкого zoo, он суммирует столбцы, а затем выполняет еженедельное агрегирование: 

> library(xts)
> set.seed(2001)
> zoo.daily <- zoo(data.frame(a=rnorm(20), b=rnorm(20), c=rnorm(20)), order.by=as.Date("2001-05-25") + 0:19)
> apply.weekly(zoo.daily, sum)
2001-05-27 2001-06-03 2001-06-10 2001-06-13 
  1.091999  -3.017688   3.842305   2.045370 
> apply.weekly(zoo.daily[, 1] + zoo.daily[, 2] + zoo.daily[, 3], sum) 
2001-05-27 2001-06-03 2001-06-10 2001-06-13 
  1.091999  -3.017688   3.842305   2.045370

Я попробовал семейство apply операторов, но, похоже, они удаляют индекс даты zoo. Я могу сделать это в цикле for, но это действительно отнимает много времени (намного, намного в четыре раза медленнее, чем функция aggregate на периодичности as.yearmon). Вот цикл for: 

week.ends <- index(zoo.daily[endpoints(zoo.daily, "weeks")[-1], ])
num.weeks <- nweeks(zoo.daily)
num.stocks <- ncol(zoo.daily)
zoo.weeks <- zoo(matrix(NA, num.weeks, num.stocks), order.by=week.ends)
for (i in seq(num.stocks)) {
    zoo.weeks[, i] <- apply.weekly(zoo.daily[, i], mean)
}

Что работает (т.е. сохраняет каждый вектор отдельно): 

2001-05-27 -0.36663040 -0.108648725  0.8392788
2001-06-03  0.33032998  0.003025018 -0.7644534
2001-06-10  0.07816992  0.620198931 -0.1494681
2001-06-13  0.02114608  0.956226189 -0.2955824

Есть ли способ быстро работать со всеми столбцами с apply.weekly? Спасибо!

ОБНОВЛЕНИЕ: Джошуа Ульрих отмечает, что мне нужна функция, поддерживающая столбцы (например, colMeans или colSums). Когда я делаю это, я получаю правильные ответы, но в виде транспонированной матрицы. Должен ли я просто переклассифицировать и двигаться дальше? Или у меня неправильная опция / настройка? 

> apply.weekly(zoo.daily, colSums)
        [,1]        [,2]       [,3]        [,4]
a -1.0998912  2.31230989  0.5471894  0.06343824
b -0.3259462  0.02117512  4.3413925  2.86867857
c  2.5178365 -5.35117351 -1.0462765 -0.88674717

1 Ответ

5 голосов
/ 01 декабря 2010

Вам необходимо использовать функцию с поддержкой столбцов в apply.weekly. Например, используйте colSums вместо sum или colMeans вместо mean.

Более поздние версии xts в R-forge дают результат ниже. Версия, в настоящее время находящаяся в CRAN, возвращает транспонированные данные. 

# install.packages("xts", repos="http://r-forge.r-project.org")
> apply.weekly(zoo.daily, colSums)
                     a           b          c
2001-05-27 -1.09989120 -0.32594617  2.5178365
2001-06-03  2.31230989  0.02117512 -5.3511735
2001-06-10  0.54718941  4.34139252 -1.0462765
2001-06-13  0.06343824  2.86867857 -0.8867472
> apply.weekly(zoo.daily, colMeans)
                     a            b          c
2001-05-27 -0.36663040 -0.108648725  0.8392788
2001-06-03  0.33032998  0.003025018 -0.7644534
2001-06-10  0.07816992  0.620198931 -0.1494681
2001-06-13  0.02114608  0.956226189 -0.2955824

Если вам нужно использовать пользовательскую функцию, вы можете использовать комбинацию apply.weekly и apply: 

> apply.weekly(zoo.daily, function(x) apply(x,2,mean))
                     a            b          c
2001-05-27 -0.36663040 -0.108648725  0.8392788
2001-06-03  0.33032998  0.003025018 -0.7644534
2001-06-10  0.07816992  0.620198931 -0.1494681
2001-06-13  0.02114608  0.956226189 -0.2955824
...