Возможно ли, что файл извлечен из другого рабочего пространства? Если в Source Control Explorer (SCE), посмотрите в столбце «Пользователь» один из файлов, которые отображаются извлеченными. Появляется ли имя пользователя (с именем рабочей области в скобках)? Если это так, то у этого пользователя есть файл, извлеченный в указанном рабочем пространстве.