Если вы затем импортируете Module_B в приложение, вы бы
Module_B.py:
модуль импорта A
App.py (который также импортирует ModuleA, который теперь по умолчанию находится в вашем Pythonpath)
import Module_B.Module_B
Другой альтернативой является обновление __init__.py (файла в папке Module_A / App) до:
import os
import sys
sys.path.extend('%s../' % os.getcwd())
import ModuleA
Другой альтернативой является добавление вашей папки в среду PYTHONPATH.