Одна простая идея состоит в том, чтобы другая программа или скрипт предоставляли именованные каналы вместо реальных файлов.Как только a.exe попытается прочитать их, он заблокируется, пока что-то еще не отправит данные по каналу.
Как в Linux вы можете сделать:
mkfifo config.txt # if a.exe uses config.txt
./a.exe # a.exe will now block until you write to config.txt and close it
Они должны работать и в Windowsкажется: Википедия по именованным каналам
Запретив это, или если вы хотите сделать что-то более продвинутое, вам придется изучить инструменты, которые перехватывают или переопределяют внешние вызовы библиотеки для данногодвоичный файл.