Вы можете поместить сценарии для каждого объекта в сценарий после развертывания, как показано ниже. Ниже скрипт заново создает хранимую процедуру со схемой [Org]. Надеюсь, это поможет.
Шаг 1 - удаление хранимой процедуры, автоматически добавляемой проектом, поскольку она создается со схемой по умолчанию [dbo].
IF EXISTS (SELECT * FROM sys.objects WHERE object_id = OBJECT_ID(N'[dbo].[spUpdateCompany]') AND type in (N'P', N'PC'))
DROP PROCEDURE [dbo].[spUpdateCompany]
GO
Шаг 2 - Удалить хранимую процедуру, если она уже существует в схеме [Org], и заново создать хранимую процедуру в схеме [Org].
IF EXISTS (SELECT * FROM sys.objects WHERE object_id = OBJECT_ID(N'[Org].[spUpdateCompany]') AND type in (N'P', N'PC'))
DROP PROCEDURE [Org].[spUpdateCompany]
GO
CREATE PROCEDURE [Org].[spUpdateCompany]
@Id int,
@Name [nvarchar](4000)
WITH EXECUTE AS CALLER
AS
EXTERNAL NAME [SQLServerProject.CLR].[StoredProcedures].[spUpdateCompany]
GO