Я не могу говорить с шаблонами ASP.NET MVC, но в целом шаблоны jQuery (и любые шаблоны javascript) служат для применения представлений к данным, извлекаемым через AJAX. Ваша типичная система шаблонов поможет визуализировать страницу, но после того, как страница отрисована, и вы делаете AJAX-запрос на добавление нового комментария, и вы хотите добавить комментарий на страницу, не загружая его снова, что бы вы сделали? Вы бы просто вернули весь блок HTML? Это возможно, но при этом увеличивается пропускная способность запросов, когда вместо этого можно просто возвратить объект JSON - что позволяет использовать один и тот же запрос на нескольких платформах, а не просто привязывать его к веб-странице. С помощью шаблонов на основе Javascript (даже что-то вроде Mustache js) вы можете применить шаблон к набору данных (ответ JSON) непосредственно в javascript, чтобы вы могли загружать свои шаблоны вместе с загрузкой страницы и использовать их всякий раз, когда изменяются состояния или вводятся новые объекты.
В конце дня вам решать, что вы хотите сделать. Если вы используете общий набор Сервисов, вам, вероятно, придется применять шаблоны в Javascript, чтобы ваши запросы данных не возвращали HTML самостоятельно. Но это, безусловно, возможно, если вы работаете только с обычным веб-сайтом, а не с сервисным. Имейте в виду, однако, что если вы когда-нибудь перейдете на сервис-ориентированную архитектуру, все ваши вызовы должны будут быть переписаны, чтобы избежать возврата HTML, поэтому это стоит рассмотреть.