Это, безусловно, можно сделать работающим в кластере, и если вы ставите свои обновления в очередь и планируете для этого заранее. Но это будет недешево, и я думаю, вам понадобится экземпляр mysql для каждых 30-50 сайтов. Стоит наблюдать за осколками в mysql для интенсивно используемых таблиц и способами запуска всего этого в оперативной памяти, чтобы значительно сократить использование необходимых ресурсов.
и для этой задачи вы должны жить и дышать INNODB человек