Вы можете делать то, что вы хотите, используя AllocConsole
(создает новую консоль) или AttachConsole
(подключается к существующей консоли), но я думаю, что существуют некоторые ограничения в отношении того, что вы можете с ними делать.
См. здесь для документации API для AllocConsole
и здесь на странице PInvoke.
Здесь saсписок множества консольных функций, может быть там что-то еще полезное.