Из вашего вопроса непонятно, но я предполагаю, что вы пытаетесь заставить свое приложение C # автоматизировать веб-браузер, который выполняется как отдельное приложение (в отличие от встраивания элемента управления WebBrowser в ваше приложение и его автоматизации).
Звучит так: WatiN предназначен для автоматизации.Он предназначен для автоматизированных тестов (что может или не может быть тем, что вы делаете), но дает вам простой способ управлять внешним экземпляром IE или FireFox, переходить по страницам, находить текстовые поля и вводить их, нажимать кнопки,и т.д.
Пример кода со своего сайта:
using (var browser = new IE("http://www.google.com"))
{
browser.TextField(Find.ByName("q")).TypeText("WatiN");
browser.Button(Find.ByName("btnG")).Click();
Assert.IsTrue(browser.ContainsText("WatiN"));
}