Различные структуры в формате исполняемого файла PE, используемые Windows, включают временные метки, которые устанавливаются компилятором и компоновщиком.
Возможно выполнить постобработку файла, чтобы сбросить эти значения до определенной константы (я написал инструмент, чтобы сделать именно это для безопасного продукта, который нуждался в точных значениях хеш-функции), но это должно быть сделано только на готовом к исполняемые файлы, так как некоторые отладчики полагаются на временные метки при поиске исходного кода и т. д.