Вы можете отключить флажок.Сначала установите свойство TreeView DrawMode как OwnerDrawAll .Затем в методе DrawNode проверьте коллекцию дочерних узлов и установите флажок свойство как false т.е..
private void xmlStructureTree_DrawNode(object sender, DrawTreeNodeEventArgs e)
{
if (e.Node.Nodes.Count != 0)
{
e.Node.Checked = false;
}
e.DrawDefault = true;
}