Какой проект вы отлаживаете? C #?
Я заметил, что пошаговое выполнение кода замедляется, когда вы наблюдаете множество переменных в окнах Auto и Watch. Отладчик оценивает любое выражение, показанное в этих окнах после каждого шага.
Попробуйте закрыть эти окна и посмотрите, увеличивается ли скорость прохода.