Единственный способ поместить что-то выше вспышки - установить для параметра wmode embed значение opaque или transparent. Вы не можете динамически установить его, необходимо обновить объект flash:
$("embed").attr("wmode", "opaque").wrap("<div>");
Вы можете запустить это сразу при загрузке страницы, чтобы пользователь не заметил.
Другим недостатком является то, что вспышка в этом режиме теряет фокус (например, вы не сможете играть во флэш-игру с клавиатурой).