Прочтите главу руководства PHP "Обработка загрузки файлов":
http://php.net/manual/en/features.file-upload.php
То, как вы думаете, работает с загрузками, не так, как работаетФорма отправляет в скрипт, который вы хотите обработать запрос, а не место, где вы хотите загрузки.Когда вы загружаете файл в Apache, он помещает этот файл во временный каталог компьютера (в Linux это / tmp по умолчанию).
Ваш скрипт должен переместить файл из временного каталога туда, куда вы хотите, чтобы он был.В руководстве много кода, показывающего, как это сделать.