Не видя код, лучше всего предположить, что идентификатор вашего элемента управления неверен.Помните, что ASP.NET, если у вас есть серверный элемент управления внутри пользовательского элемента управления (или других объектов контейнерного типа), то идентификатор, отображаемый на странице, - это не то, что вы указали в разметке, а сгенерированный уникальныйID.
Так что если вы используете, затем убедитесь, что вы вводите полный идентификатор в свой JavaScript, например:
$("#<%= myTextBox.ClientID %>").datepicker();