Не используйте Swing Application Framework.
Более новые IDE NetBeans будут отображать этот отказ от ответственности, если вы создаете проект JavaDesktopApplication:
Обратите внимание, что JSR-296 (Swing Application Framework) больше не разрабатывается ине станет частью официального Java Development Kit, как было запланировано изначально.Вы по-прежнему можете использовать библиотеку Swing Application Framework как есть, но дальнейшего развития не ожидается.Если вы ищете платформу приложений на основе Swing, рассмотрите возможность использования платформы NetBeans [platform.netbeans.org] [1], которая является полнофункциональной платформой, подходящей для создания сложных и масштабируемых настольных приложений.Платформа содержит API-интерфейсы, которые упрощают обработку окон, действий, файлов и многих других типичных элементов приложения.
Что касается вашего вопроса относительно файла persistance.xml, он читается где-то в фреймворке (возможно, в org.jdesktop.application.Application).Его нет ни в одном из файлов вашего проекта.Все, что вы действительно можете сделать, это изменить значения в файле.