Сначала вам нужно сохранить идентификатор в переменной, например
(id) myObject = [myArray objectAtIndex:0];
Затем вы можете манипулировать им:
myObject.intProperty = 12345;
и сохранить его снова:
[myArray removeObjectAtIndex:0]; // Remove it before setting it again
[myArray insertObject:myObject atIndex:0];
РЕДАКТИРОВАТЬ: Или вы могли бы использовать путь Джейкоба, который гораздо лучше:)