Пока у вас есть действующий проект Android, вы можете использовать aapt package
для генерации R.java из ресурсов.Вот пример использования (все должны быть в одной строке):
aapt package --non-constant-id -f -m -M <abs_path_to_AndroidManifest.xml>
-S <abs_path_to_res_dir> -I <abs_path_to_platforms_android.jar>
-J <abs_path_to_dir_that_should_contain_gen_R_java)
--generate-dependencies
Выше можно сделать доступным для сценариев, используя ANT, используя цель aapt или просто используя цель exec.