Вы можете попробовать это
$array = array('id' => array(1,10,4), 'age'=>array(1,1,2));
$age_array = array();
foreach ($array['age'] as $key => $val) {
if (in_array($val, $age_array))
unset($array['id'][$key], $array['age'][$key]);
$age_array[] = $val;
}
print_r($array);
это возвращает Array ( [id] => Array ( [0] => 1 [2] => 4 ) [age] => Array ( [0] => 1 [2] => 2 ) )
С уважением
Люк