если ваша анимация простая, со временем меняйте цвета, переходите от x к y за 3 секунды. Javascript в порядке. Если вам нужны всевозможные кнопки wizbang и скоординированное вращение экрана, прямой js + dhtml будет в лучшем случае неуклюжим. Silverlight vs Flash - это ваши вопросы на тот момент. Интересно, что вы программируете Silverlight с помощью javascript, и это будет основным преимуществом простого обновления до более быстрого и динамичного DOM, который реализован в Silverlight, но все еще пишет тот же код. По моему опыту, программируемость Flash очень ограничена, вы можете делать все что угодно, но это будет медленным и займет тысячи строк кода, чтобы добраться туда. Для простых анимаций JS посмотрите jQuery или Scriptaculous.