Это может не помочь, потому что я использую RubyMine 3, однако на панели инструментов есть раскрывающееся меню для выбора различных сред разработки (например, производство, разработка).
Раскрывающееся меню находится слева от зеленого треугольника «Выполнить». Если вы щелкнете по списку, то один из вариантов будет «Редактировать конфигурации» - откроется окно с настройками конфигурации порта сервера.
Надеюсь, что это то же самое в вашей версии RubyMine!