Вы должны проверить состояние сеанса на сервере с помощью Ajax и отслеживать все открытые сеансы / окна, которые есть у пользователя. После этого вы сможете настроить таргетинг только на один из доступных сеансов с предупреждением о выходе из системы.
В ответ на ваш комментарий:
Не используйте встроенный механизм сеанса, разработайте свой собственный, используя постоянный массив на стороне сервера или журнал базы данных.
Нет, ничто в HTTP-запросе не говорит вам, сколько браузеров открыто, но вы можете назначить свой собственный cookie sessionID, когда пользователь открывает каждое окно браузера. Сделайте Ajax-вызов на сервер, посмотрите, не истек ли тайм-аут пользователя, и если у вас самая низкая (или последняя) запись в журнале сеансов, то вы - браузер, который получает предупреждение.