Это немного странно, но я получаю доступ к данным GWT из R через инструмент python (http://code.google.com/p/webmaster-tools-downloads/source/browse/downloader.py),, выполняя команды system (), например,
feedback <- system("python ./gwt-tool/googlewebmastertool_download_gmt.py")
Где "обратная связь" будетсообщение генерируется из скрипта, а файлы появляются в рабочем каталоге системного вызова.
Лучшим решением было бы использование пакета httr для выполнения запросов (который является оболочкой для RCurl, предложенного выше) - Iобнаружил, что httr сглаживает некоторые проблемы конфигурации, которые может представлять RCurl.