После продолжительной работы и исследований кажется, что, хотя FatJar - это прежде всего плагин Eclipse, его можно довольно легко интегрировать в серверы непрерывной интеграции.
В моем случае, используя Ant, я имеюобнаружил, что можно запустить плагин FatJar вне Eclipse, используя следующий код (первоначально с этот сайт ).
<project name="FatJar MySuperDuperClass.jar (experimental)" default="main" basedir=".">
<!-- this file was created by Fat-Jar Eclipse Plug-in -->
<!-- the ANT-Export is in a very early stage, so this -->
<!-- is only experimental, ANT 1.6 or above is -->
<!-- required, feedback is always welcome: -->
<!-- http://sourceforge.net/projects/fjep -->
<!-- uncomment the following lines if using ANT outside Eclipse -->
<!--
<property name="fjepPath" value="plugins/net.sf.fjep.fatjar_0.0.31/fatjar.jar"/>
<taskdef name="fatjar.build" classname="net.sf.fjep.anttask.FJBuildTask" classpath="${fjepPath}"/>
<typedef name="fatjar.manifest" classname="net.sf.fjep.anttask.FJManifestType" classpath="${fjepPath}"/>
<typedef name="fatjar.exclude" classname="net.sf.fjep.anttask.FJExcludeType" classpath="${fjepPath}"/>
<typedef name="fatjar.jarsource" classname="net.sf.fjep.anttask.FJJarSourceType" classpath="${fjepPath}"/>
<typedef name="fatjar.filesource" classname="net.sf.fjep.anttask.FJFileSourceType" classpath="${fjepPath}"/>
-->
<!-- uncomment the above lines to use ANT outside of Eclipse -->
<target name="main">
<fatjar.build output="MySuperDuperClass.jar">
<fatjar.manifest mainclass="de.schwobeseggl.test.MySuperDuperClass"/>
<fatjar.filesource path="bin" relpath=""/>
<fatjar.jarsource file="lib/commons-cli.jar" relpath=""/>
<fatjar.jarsource file="lib/jbossall-client.jar" relpath=""/>
<fatjar.jarsource file="lib/junit.jar" relpath=""/>
<fatjar.jarsource file="lib/log4j.jar" relpath=""/>
<fatjar.jarsource file="lib/jdom.jar" relpath=""/>
</fatjar.build>
</target>
</project>
Я раскомментировал блок из 6 строк в начале иэто работает хорошо.Читая комментарий сверху, кажется, что он был экспортирован с использованием самого FatJar, но не знаю, как это сделать.Я просто настроил этот образец для своего случая использования.