AES - это блочное шифрование.Работает по одному блоку за раз.Одна возможность - просто вызвать его один раз для каждого 16-байтового блока в вашем входе.Когда вы доберетесь до конца ввода, добавьте последний фрагмент в 16 байтов и зашифруйте его.Это называется режимом «Электронная кодовая книга» (ECB).Недостатком является то, что если есть два (или более) блока ввода, которые идентичны, они будут производить идентичный вывод.В этом случае ECB рекомендуется только редко.
Существует ряд других режимов работы , которые позволяют избежать этой проблемы.Мой совет будет искать другую библиотеку, которая уже реализует их (например, я уверен, что beecrypt делает).К сожалению, не зная, что вы делаете, трудно сказать, какой из них наиболее подходит, но я бы начал , посмотрев на CBC и CFB на этой странице как пару разумных возможностей.