Это разница в реализации.InnoDB поддерживает транзакции и, следовательно, он должен подсчитывать строки на основе вашего транзакционно согласованного представления таблиц.Поскольку MyISAM не поддерживает свойства ACID, если строка вставлена, она вставляется для всех, и поэтому она может просто обновить счетчик, который хранится в механизме хранения.