Используйте Process Explorer , чтобы взглянуть на переменную среды PATH внутри процесса Eclipse. Вполне возможно, что он меняет свой PATH внутренне - в этом случае вам необходимо выяснить, как настроить Eclipse так, чтобы его PATH был настроен правильно.
Если вы обнаружите, что C:\cygwin\bin отсутствует в PATH Eclipse, и вы недавно добавили это в PATH, вам нужно закрыть и перезапустить Eclipse, чтобы это изменение вступило в силу.
Если вы все еще не можете понять это, попробуйте использовать Process Monitor с фильтром для Eclipse.exe, чтобы получить длинный подробный список всего, что он пытается сделать. Ищите звонок на CreateProcess(), который не удался, и посмотрите, сможете ли вы узнать что-нибудь еще.