GWT - это библиотека Java. Вы пишете Java-код, используя GWT API. Этот код Java компилируется в JavaScript, который можно запустить в веб-браузере. Этап компиляции обеспечивается программным обеспечением в GWT.
GAE совершенно другой. GAE - это серверная платформа для развертывания веб-приложений в серверной инфраструктуре Google. Вы можете использовать GWT в приложении GAE; Вы не должны это делать. Вы можете создать приложение GAE, которое не использует GWT.
Единственное, что объединяет эти две технологии, это «G».