Вам необходимо зарегистрировать сборку на каждой странице, которая ее использует, или в вашем файле web.config. Простая регистрация на главной странице не сделает сборку видимой для страниц, которые используют главную страницу.
См. в этом посте для получения инструкций о том, как это сделать в web.config.
Необходимые изменения в файле web.config:
<system.web>
<pages>
<controls>
<add tagPrefix="scottgu" src="~/Controls/Header.ascx" tagName="header"/>
<add tagPrefix="scottgu" src="~/Controls/Footer.ascx" tagName="footer"/>
<add tagPrefix="ControlVendor" assembly="ControlVendorAssembly"/>
</controls>
</pages>
</system.web>