Да, вы можете использовать SQLite на iPhone. Поскольку база данных - это просто файл, вы можете добавить файл размером 50 МБ в ваше приложение, и все. Производительность SQLite на iPhone, по моему опыту, хорошая, хотя YMMV зависит от вашего точного расположения таблицы и индексов.
На мой взгляд, определенно стоит проверить упаковщик FMDB, предложенный Galwegian; это значительно упрощает программирование, чем непосредственное использование самой библиотеки SQLite.
Хотя 50 МБ намного ниже лимита, имейте в виду, что для загрузки приложения объемом 50 МБ пользователям потребуется некоторое время, и люди не смогут установить его из AppStore без подключения к WiFi или iTunes.