Как я могу вставить / обновить некоторые метаданные XMP в PDF-файл, предпочтительно используя java?
Взгляните на pdfmark от CrossRef.
Я обнаружил, что библиотека PDFBox может использоваться для вставки или извлечения этих данных. Смотри http://plindenbaum.blogspot.com/2010/07/pdfbox-insertextract-metadata-frominto.html