Я предполагаю, что вы используете mysql, поскольку вопрос помечен как mysql
Если вы используете аннотации и что-то вроде этого @Column (unique = true)
Тогда это преобразуется вследующий DDL по hibernate unique (user_id)
Когда вы запрашиваете mysql db и делаете show index из него, в качестве индексированного поля будет отображаться user_id, так что ответа @unique достаточно для индексирования поля
HTH