Прежде всего, проверьте, правильно ли настроен log4j.Вы не получите никаких файлов журналов, если не попросите их.
Во-вторых, как предложил ckuetbach, проверьте, есть ли у ваших путей соответствующие разрешения.Если у вас есть проблемы такого рода, вы должны увидеть трассировку ошибки log4j в лог-файлах Glassfish.Они не остановят ваше приложение, поскольку предполагается, что системы журналирования не являются навязчивыми, но след должен существовать.И из этого вы узнаете, что (если что-то) пошло не так.