Да, вы можете настроить отдельные инструменты слияния для каждого файла, и они могут отличаться только флагом предварительного слияния, если хотите:
[merge-tools]
mymergetool.priority = 100
mymergetool.premerge = True
mymergetool.args = $local $other $base -o $output
mymergetool.executable = /path/to/mergetool
manualmerge.priority = 100
manualmerge.premerge = False
manualmerge.args = $local $other $base -o $output
manualmerge.executable = /path/to/mergetool
[merge-patterns]
filename_to_never_automerge = manualmerge
Полная информация: https://www.mercurial -scm.org / wiki / MergeToolConfiguration