Я не знаю, сможет ли это сделать fpdf. Но если вы делаете это в Linux, вы можете просто заставить свой скрипт использовать ghostscript для объединения загруженных файлов. Это было бы что-то вроде
gs -dBATCH -dNOPAUSE -q -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=out.pdf uploaded1.pdf uploaded2.pdf