Согласно руководству по установке , вам понадобится CMake для компиляции в Windows.
Я нашел это руководство , в котором пошагово показано, как скомпилировать OpenCV 2.0 в Windows, но я считаю, что инструкции также применимы для компиляции OpenCV 2.1.
Эта тема напрямую связана с тем, к чему вы стремитесь.