Это зависит от того, используете ли вы много общего кода через библиотеки или службы.Если вы делитесь библиотеками, которые вам нужны в разных версиях, проще разделить их и использовать подмодули git (через git slave, если хотите).Если вам нужно, чтобы библиотеки были самыми последними для всех проектов (поскольку они имеют доступ к общему хранилищу данных), вы можете быть в порядке с одним репо.
Отдельные репозитории могут быть проще в управлении доступом, но гитолит отличноон может быть ограничен по веткам и многим другим вещам.
Позже вы можете присоединиться к репозиториям и привить истории вместе через "git rebase --root --onto branch1".Или вы можете разделить один на несколько с помощью git filter-branch.
Так что я бы не стал слишком сильно потеть.Вы используете git по причине.Вы можете передумать позже и сохранить историю.