Эта операция называется "xor".
>>> import numpy
>>> x = numpy.array([[0,0],[1,1]])
>>> y = numpy.array([[1,0],[0,1]])
>>> x ^ y
array([[1, 0],
[1, 0]])
Кстати, (поэлементное) умножение по модулю 2 можно выполнить с помощью «и».
>>> x & y
array([[0, 0],
[0, 1]])