Вам необходимо выполнить инструкцию SQL.
statement = "ALTER TABLE `users` CHANGE `id` `id` SMALLINT( 5 ) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT"
ActiveRecord::Base.connection.execute(statement)
вы можете ввести вручную в вашей миграции
Обратите внимание, что это только пример. Окончательный синтаксис оператора SQL зависит от базы данных.