Вы можете подключиться к базе данных и получить таблицу information_schema.Tables, а затем проверить, есть ли там все таблицы, которые вы ожидаете получить.
Чтобы получить все таблицы, используемые вашим Linq-to-Sql DataContext:
var dataContext = new DataContext();
var dataContextTableNames = (from tables in dataContext.Mapping.GetTables()
select tables.TableName).ToList();
Затем, используя выбранный вами метод sql, вы должны запустить "SELECT [TABLE_NAME] FROM [Information_Schema]. [Таблицы] "в вашей базе данных и сравните ее с данными в вашем DataContext.