Поддержка DOCX от OpenOffice и Libre Office все еще довольно слабая. Существует бесплатная сторонняя библиотека (odfconverter), которая гораздо лучше форматирует. Если вы можете связать это с вашим приложением или выполнить некоторую предварительную обработку, это, вероятно, будет хорошим результатом. Обратите внимание, что новые версии MS Office читают формат ODT довольно хорошо, так что это может предоставить вам другой путь для расследования.
Итак, odfconverter даст вам docx-> odt. Docmosis или JODReports могут сделать odt-> doc.